A estrutura de Governança da Planejar é composta por três conselhos e um comitê executivo. Esses grupos são formados por profissionais altamente qualificados, com experiências variadas e relevantes. 

A escolha dos membros é feita por votação e indicação em uma Assembleia Geral, com mandato de dois anos para os profissionais eleitos.

Há ainda cinco Comissões compostas por associados voluntários, que se organizam em grupos de trabalho. A associação conta ainda com uma equipe interna multidisciplinar.